In den Vorderhäusern A, B und C (Universitätsstr. 2, 4, 6) haben sich im Keller und den Giebelwänden, bei Haus C auch im Dach, noch umfangreiche Reste des mittelalterlichen Baubestands erhalten (12.-13. Jahrhundert). Ansonsten sind die Bauten geprägt durch Um- und Neubauten des 18./frühen 19. Jahrhunderts, die vor allem die Fassaden, die Raumaufteilung und Dächer betreffen. Die heute sichtbare Ausstattung entstand weitgehend im 19. Jahrhundert und um die Jahrhundertwende, als die Gaststätte im Erdgeschoss eingebaut und ein Treppenhaus zur gemeinsamen Erschließung der Häuser B, C und D errichtet wurde.
Barocke Wandfassungen können stellenweise hinter jüngeren Putzen und Tapeten in den Obergeschossen der Häuser A-C vorhanden sein. Allerdings sind sie in den Häusern B und C weitgehend durch die Umbauten des 19. und 20. Jahrhunderts überprägt. Lediglich im Haus A (Universitätsstr. 6) fanden sich größere Reste von Sichtfachwerk. Mittelalterliche Verputze haben sich stellenweise in den Kellern und in den Giebelbereichen erhalten. Haus D ist ein weitgehender Neubau des frühen 19. Jahrhunderts.
Auf der Parzelle A (Universitätsstr. 6) blieb die traditionelle Grundstücksaufteilung mit Vorder- und Hinterhaus sowie Laubengang erhalten. Gang und Hinterhaus stammen in ihrer jetzigen Form aus der Mitte des 19. Jahrhunderts, gehen aber auf ältere Vorgänger zurück.

Die ersten Bauten im Untersuchungsgebiet entstanden vermutlich noch im 12. Jahrhundert in der Universitätsstr. 2 und 6 (Haus C und A, Phase I). Diese mehrgeschossigen, unterkellerten Steinhäuser wiesen die Grundfläche der heutigen Tiefkeller auf und standen mit der Schmalseite an der Straße. Ihre Wackenmauern, zum Teil mit originalem Verputz, haben sich in den Tiefkellern erhalten. Das damalige Erdgeschoss liegt im heutigen ersten Untergeschoss, da das Straßenniveau nach 1180 angehoben worden war. Wie viel Obergeschosse vorhanden waren, können nur weitere Untersuchungen in den zurzeit noch genutzten Räumen klären.

Im 13. Jahrhundert verdichtete sich die Bebauung (Phase II). Die Straßenzeilen wurden geschlossen und die steinernen Kernbauten durch hofseitige Anbauten, Aufstockungen und Unterkellerungen vergrößert. Als erstes wurde 1247 in der Lücke zwischen Haus A und C ein Neubau errichtet (Haus B, Universitätsstr. 4). Das Untergeschoss mit gewölbten Vorkeller und Treppenhaus zum Hof sowie zweigeschossigem Tiefkeller zur Straße entspricht dem üblichen Schema Freiburger Häuser in dieser Zeit. Im heutigen Dachgeschoss hat sich die südliche Giebelspitze des Hauses erhalten. Das Haus B hatte demnach 1247 die gleiche Grundfläche wie heute, aber nur ein Obergeschoss.
Anschließend wird der Kernbau A auf dem südlichen Nachbargrundstück zu einem dreistöckigen Haus mit Satteldach erweitert. Dabei nutzte man die 1247 erbaute Giebelwand von Haus B. Außerdem tiefte man das straßenseitige Untergeschoss zu einem Tiefkeller ab und erweiterte das Haus in den Hof hinein. Zur Erschließung des Tiefkellers wurde ein gewölbter Vorkeller eingefügt. Er öffnete sich ehemals mit einem Bossenquaderbogen in ganzer Breite und Höhe zum Hof. Der Keller war von außen über den Hof zugänglich. Im (später erneuerten) Südgiebel fanden sich noch Spuren des damals errichteten.

Alle drei Bauten wurden seit dem 15. Jahrhundert vor allem von Handwerkern bewohnt.

Der nördliche Teil der Universitätsstraße zwischen Rathausplatz und Bertoldstraße hieß Quarthofgasse“ oder „by dem Quarthofe“, benannt nach dem bischöflichen Konstanzer Quarthof (Eckhaus „Zum Rosenschild“, Rathausgasse 12; vgl. Poinsignon 1891, S. 126). Der westliche Teil der Rathausgasse wurde nach Eröffnung des Bahnhofs 1845 Eisenbahnstraße genannt, zuvor Egelgasse (vgl. Poinsignon 1891, S. 85-86).

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